文献类型： 中文期刊

作者： 刘宏祥 ¹ ; 张雪萍 ¹ ; 王逸飞 ¹ ; 王志成 ¹ ; 顾昊天 ¹ ; 宋卫涛 ¹ ; 陶志云 ¹ ; 徐文娟 ¹ ; 章双杰 ¹ ; 卢立志 ² ; 李慧芳 ¹ ; 朱春红 ¹ ;

作者机构： 1.中国农业科学院家禽研究所

2.浙江省农业科学院畜牧兽医研究所农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室

关键词： 金定鸭;产蛋性状;遗传参数;单核苷酸多态性;全基因组关联研究

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2025 年 58 卷 015 期

页码： 3145-3158

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】基于全基因组关联研究（genome-wide association study,GWAS）技术筛选和鉴定金定鸭产蛋数性状相关的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）位点及候选基因,为金定鸭产蛋性状的分子育种提供参考信息。【方法】采用441只同批次健康金定鸭（母鸭）群体作为研究对象,分别收集每只个体从产第一枚蛋开始至43周龄、55周龄和72周龄的产蛋数（分别为W43、W55和W72）共3个产蛋数性状。所有441只个体翅静脉采血后进行全基因组重测序,下机数据与鸭参考基因组（ZJU1.0）比对得到全基因组范围内的SNPs位点,利用plink软件质控后获取高质量SNPs位点,使用ASReml-R 4.2软件多性状动物模型估计43周龄、55周龄、72周龄产蛋数性状的遗传力,以及两两性状间的遗传相关、表型相关。利用gemma软件分别对3个产蛋数性状进行全基因组关联分析,鉴定3个产蛋数性状共享的关联标记位点,利用bedtools软件对这些位点进行注释,挖掘标记位点附近的候选基因。【结果】金定鸭W43、W55和W72遗传力均较低,遗传力范围在0.17—0.30之间,并随着周龄的增加,遗传力逐渐降低。不同周龄产蛋数间均具有较高的遗传正相关,相邻时间点间的遗传相关系数高于间隔时间点之间的遗传相关系数,其中W43与W55的遗传相关系数为0.75,W55与W72遗传相关系数为0.89。GWAS研究结果表明,W43筛选到174个潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^-7),分布于3、13、21号染色体上;W55筛选到297个潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^-7),分布于3、13号染色体上;W72筛选到36个潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^-7),均位于3号染色体上。3个产蛋数性状共享20个重叠的潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^-7),且均位于3号染色体上。这些位点形成了两个较大的单倍型块,并涉及5个候选基因,包括参与钙离子作用的VSNL1基因、参与中胚层形成的MSGN1基因、具有钾离子通道作用的KCNS3基因,参与DNA修复的SMC6和GEN1基因。【结论】估计了金定鸭43周龄、55周龄和72周龄产蛋数性状的遗传参数,通过产蛋数性状的GWAS研究鉴定了同时影响3个周龄产蛋数性状的20个潜在显著的SNPs位点、5个候选基因,这些结果为金定鸭产蛋数性状分子育种提供了参考信息。