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利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因

文献类型： 中文期刊

作者： 吕世杰 1 ; 陈付英 1 ; 张子敬 1 ; 王李辉 2 ; 张松山 3 ; 王二耀 1 ; 徐照学 1 ; 施巧婷 1 ;

作者机构： 1.河南省农业科学院 畜牧兽医研究所

2.平顶山市动物疫病预防控制中心

3.平顶山市畜产品质量安全监测中心

关键词： 郏县红牛;中国荷斯坦奶牛;繁殖性状;选择性清除;遗传分化系数

期刊名称： 河南农业科学

ISSN： 1004-3268

年卷期： 2020 年 49 卷 007 期

页码： 133-138

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型.通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(πratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域.在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM>10)的基因优先作为候选基因.结果显示,根据Fst值和 πratio值的99%分位数(Fst>0.390,πratio>1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合.其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM>1).CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM>10).以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因.

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[1]利用简化基因组测序筛选安格斯牛生长相关的受选择基因. 吕世杰,陈付英,金磊,张子敬,朱肖亭,施巧婷,辛晓玲,楚秋霞,柏中林,王二耀,徐照学. 2020

[2]郏县红牛耳成纤维细胞的建立. 楚秋霞,辛晓玲,王二耀,施巧婷,于翔,滑留帅,徐照学. 2018

[3]郏县红牛成年母牛体尺指标与体重的相关性分析. 刘贤,张花菊,吴胜军,李志明,孙红霞,王献伟,徐泽君,黄永震,张子敬,茹宝瑞. 2021

[4]郏县红牛开发利用和产业化发展的措施和建议. 张顺进,张子敬,刘贤,张花菊,祁增芳,文逸凡,陈付英,李志钢,丁晓婷,杨国杰,雷初朝,陈宏,黄永震. 2020

[5]郏县红牛生长发育性状全基因组关联分析. 陈付英,牛晖,施巧婷,滑留帅,冯亚杰,徐照学,王二耀. 2018

[6]郏县红牛和安格斯牛18月龄背最长肌差异表达基因的筛选与分析. 张格阳,李玉龙,朱肖亭,张志杰,翟亚莹,牛欣然,黄永震,曾滔,张子敬,施巧婷,王二耀,吕世杰. 2023

[7]郏县红牛的种质资源描述及保护利用. 魏成斌,蔺萍,盛卫东,徐照学. 2013

[8]郏县红牛种质资源个性描述. 魏成斌,吴姣,蔺萍,盛卫东,徐照学. 2013

[9]郏县红牛POLB基因克隆及生物信息学分析. 李玉龙,吕世杰,翟亚莹,张志杰,朱肖亭,张子敬,陈付英,施巧婷,王二耀. 2022

[10]中国荷斯坦奶牛CCR5基因克隆、生物信息学及表达分析. 陈伶慧,张文婷,申祥,张伟,郭利亚,张子敬,徐萍,白跃宇,张晓建. 2021

[11]SMG9基因拷贝数变异和不同因素对奶牛繁殖性状的影响. 吕世杰,施巧婷,冯亚杰,郭璐明,楚秋霞,金磊,张子敬,黄永震,王二耀. 2022

[12]葡萄糖对后备母猪繁殖相关基因表达的影响. 王璟,张家庆,白献晓,高彬文,陈俊峰,张彬,郭紫林,王华帅,邢宝松. 2017

[13]猪产仔间事对繁殖性状的影响. 梁永红,邢宝松. 1998

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