文献类型： 中文期刊

作者： 葛宇 ¹ ; 徐梓宁 ² ; 马蔚红 ³ ; 刘远征 ³ ; 王步天 ¹ ; 刘毅 ⁴ ;

作者机构： 1.云南农业大学热带作物学院

2.中国热带农业科学院科技信息研究所

3.中国热带农业科学院

4.云南天然橡胶产业集团江城有限公司

关键词： 油梨;生态型;全基因组重测序;单核苷酸多态位点;亲缘关系

期刊名称： 热带农业科学

ISSN： 1009-2196

年卷期： 2022 年 011 期

页码： 50-57

摘要： 为揭示不同生态型油梨间的差异，对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序，平均测序深度为26×，平均覆盖度为89.39%。通过与参考基因组比对，4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26%。除了西印度群岛生态型油梨品种Donnie的杂合率最低（为35.34%）外，剩下3份油梨品种的杂合率均超过70%。单核苷酸多态位点（SNP）数量为3 854 384～6 290 629个，小片段插入与缺失（Small InDel）总数为1 432 406～1 707 608个，这些突变导致了13 864～18 143个基因的变异。KEGG分析表明，淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因。聚类分析表明，相对于西印度群岛生态型，危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近。研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异，为分子标记辅助选择育种提供了科学依据。