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脊尾白虾血细胞ESTs的生物信息学与微卫星序列特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 段亚飞 1 ; 张喆 1 ; 李吉涛 2 ; 李健 2 ; 刘萍 2 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院南海水产研究所

2.中国水产科学研究院黄海水产研究所

关键词： 脊尾白虾;血细胞;EST;生物信息学;微卫星

期刊名称： 水产科学

ISSN： 1003-1111

年卷期： 2016 年 35 卷 05 期

页码： 562-567

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 对前期测序得到的脊尾白虾血细胞2853条EST序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分析。EST序列拼接得到1053条Unigenes,包括329条Contigs和724条Singlets。BLAST分析表明,593(56.3%)条Uingenes与数据库中已知基因具有相似性。KEGG代谢途径分析表明,181条Unigenes映射到120条代谢途径。通过EST-SSR分析,共得到416条微卫星序列,检出率为14.58%。其中,两碱基重复序列374条,占89.90%,AG重复类型最多;三碱基35条,占8.41%,AAT重复类型最多;四碱基7条,占1.68%,AAGT重复类型最多。本研究可为脊尾白虾功能基因资源挖掘及分子标记筛选提供有效数据。

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