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玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 周玲 1 ; 梁帅强 1 ; 林峰 1 ; 吕远大 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所/江苏省农业生物学重点实验室

关键词： 玉米;二态性InDel位点;系统发育树;群体结构

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2016 年 32 卷 06 期

页码： 1223-1231

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 随着下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的发展,可以利用高通量测序数据挖掘基因组特异的插入/缺失(In Del)位点,这使In Del分子标记的开发成为可能。本研究利用327份玉米自交系的测序数据,通过全基因组结构变异评估发现分布于10条染色体上的25 847个In Del位点。利用PIC值≥0.30的3 304个位点进行系统发育树构建和群体结构分析,其结果与利用SNP位点分析获得的结果高度一致,说明这些多态性较高的In Del位点可以作为代表性标记用于玉米遗传组成的差异分析。采用53对PCR引物进行扩增试验,发现这些In Del引物具有位点专化特征并且其杂交种鉴定的平均杂合率为0.569 2,表明这些标记能准确鉴定出玉米杂交种的杂合度。

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