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基于靶向测序技术的菜豆SNP液相芯片开发及验证

文献类型： 中文期刊

作者： 袁娜 1 ; 徐勤圆 1 ; 徐照龙 1 ; 周玲 1 ; 刘晓庆 2 ; 陈新 2 ; 杜建厂 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院种质资源与生物技术研究所

2.江苏省农业科学院经济作物研究所

关键词： 菜豆;单核苷酸多态性;靶向测序;遗传多样性

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2024 年 005 期

页码： 1017-1032

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 根据公开发表的菜豆基因组和重测序数据，利用生物信息学的方法筛选出61950个高质量SNP位点，通过对目标位点进行探针设计评估，最终设计开发出分别包含40 352、20 855和10 486个SNP位点的40K、20K和10K液相芯片。利用10K液相芯片，对89份菜豆品种进行靶向测序基因分型检测，结果显示菜豆的平均多态性信息含量值和基因多样性值分别为0.35和0.29。STRUCTURE和聚类分析将89份菜豆划分为2个品种群，该分类结果显示同一地域的菜豆品种遗传背景和果实性状大都较为相似。基于选择信号分析，共鉴定到103个处于强烈选择状态的区域，这些区域中的位点可为后续功能基因研究提供候选。

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