文献类型： 中文期刊

作者： 赵芹 ¹ ; 谢大森 ¹ ; 何晓明 ¹ ; 罗少波 ¹ ; 彭庆务 ¹ ; 陈俊秋 ¹ ;

作者机构： 1.广东省农业科学院蔬菜研究所

关键词： 瓠瓜;LINE逆转座子;RT序列;序列分析;相似性;系统进化

期刊名称： 植物资源与环境学报

ISSN： 1674-7895

年卷期： 2015 年 001 期

页码： 1-11

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以瓠瓜[Lagenaria siceraria (Molina) Standl.]品种‘大籽葫芦’(‘Dazihulu’)和‘杂交瓠瓜’(‘Hybrid bottle gourd’)为供试材料,对其基因组总DNA中的LINE逆转座子RT序列进行扩增,并对30个克隆产物的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比对、同源性分析和系统进化分析。结果表明:瓠瓜品种‘大籽葫芦’与‘杂交瓠瓜’的基因组总DNA均包含长度约580 bp的RT序列片段。从2个瓠瓜品种中获得的30条LINE逆转座子RT核苷酸序列(编号为LsRT1至LsRT30)长度为564~599 bp,碱基A、T、G和C的数量分别为143~193、157~205、104~139和83~134,AT/GC比为1.29~1.76,表现出高度异质性。缺失突变和终止密码子突变是造成瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列长度差异的主要因素。30条瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列的相似性为47.1%~99.5%,其编码的氨基酸序列相似性为26.7%~100.0%。根据核苷酸替代值,30条瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列可分为4个家族( family),分别包含14、8、1和7条序列。氨基酸序列分析结果显示:瓠瓜LINE逆转座子RT氨基酸序列包含20个保守氨基酸残基和多个半保守氨基酸残基;有14条氨基酸序列具有终止密码子突变。 Family 1、Family 2和Family 4是可能具有转座活性的逆转座子家族,分别包含8、3和5条无终止密码子的RT氨基酸序列。根据瓠瓜与其他15种植物的LINE逆转座子RT氨基酸序列构建的系统进化树,瓠瓜与葡萄( Vitis vinifera Linn.)和黄瓜( Cucumis sativus Linn.)等种类的LINE逆转座子RT氨基酸序列有较高同源性。研究结果表明:瓠瓜LINE逆转座子是一类较古老元件,LINE逆转座子可在瓠瓜与其他种类的基因组间横向传递。