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串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布

文献类型： 中文期刊

作者： 赵志新 1 ; 李春鑫 1 ; 李雨娇 1 ;

作者机构： 1.商洛学院生物医药与食品工程学院;河南省农业科学院小麦研究所分子育种研究室

关键词： 高粱;基因组;串联重复序列;密度;分布

期刊名称： 河南农业科学

ISSN： 1004-3268

年卷期： 2018 年 07 期

页码： 33-42

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以高粱全基因组及基因中不同结构区域为研究对象,从Phytozome数据库中下载高粱基因组数据及基因注解数据,利用重复序列分析工具(Phobos v3.3.12),检测串联重复序列在不同区域的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况。结果表明,在高粱基因组中5'UTR、UI200、UI500中重复序列密度较高,分别为25 655 bp/Mb、16 761 bp/Mb、10 718 bp/Mb,其余区域密度差别不大,约为6 000 bp/Mb。在基因内及基因间区域中,重复序列模体主要为二碱基和三碱基重复,占到总密度的30%以上;特别在基因编码区(CDS),重复序列模体主要为3的倍数(如三碱基、六碱基等)。并且串联重复序列在基因组中并非随机分布,在基因间隔区,串联重复序列的分布明显靠近基因,这样的分布特征可能与其基因转录调控有关;在内含子(Intron)区域,更多的重复序列分布偏向于内含子两端,这可能与内含子剪切有关。

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