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DNA模板中发卡结构对定量PCR扩增的影响

文献类型： 中文期刊

作者： 范慧君 1 ; 王静 2 ; 梁兴国 3 ;

作者机构： 1.中国海洋大学食品科学与工程学院;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋药物与生物制品功能实验室

2.;中国海洋大学食品科学与工程学院;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋药物与生物制品功能实验室

3.;中国海洋大学食品科学与工程学院;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋药物与生物制品功能实验室;

关键词： 定量PCR;发卡;环部大小;GC含量;扩增效率

期刊名称： 生物技术

ISSN： 1004-311X

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 242-248

收录情况： 北大核心

摘要： [目的]探究模板引物结合区发卡对定量PCR的影响及优化方法。[方法]用分布连接法构建一系列在模板引物结合区含环大小为5~60 nt,茎长9 bp的DNA模板,考察发卡环部大小、茎干区GC含量对q PCR扩增效率的影响,再针对引物浓度、引物长度及退火温度来优化含发卡结构DNA模板的扩增。[结果]环区为5~40 nt时,其Ct值比对照组高1.3~4.2,对q PCR的抑制作用与环大小成负相关;茎长9 bp发卡结构当GC含量达3 bp以上时会对定量扩增产生明显抑制作用;增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可提高发卡模板的扩增效率。[结论]模板引物结合区环大小在40 nt以内,茎长达9 bp的发卡结构对q PCR扩增会产生抑制作用,通过增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可缓解此类抑制。

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