文献类型： 中文期刊
作者： 蒋爽 1 ; 骆军 2 ; 孙永旺 1 ; 蔡丹英 3 ; 滕元文 1 ;
作者机构： 1.浙江大学园艺系
2.上海市农业科学院林木果树研究所
3.浙江省农业科学院园艺研究所
关键词： 梨;Ty1-copia;GAG;表达分析
期刊名称： 园艺学报
ISSN： 0513-353X
年卷期： 2016 年 43 卷 08 期
页码： 1577-1584
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员。遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。
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