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正交设计优化狗牙根SSR-PCR反应体系

文献类型： 中文期刊

作者： 龙萄 1 ; 黄春琼 2 ; 刘国道 2 ;

作者机构： 1.海南大学农学院

2.海南大学农学院;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业部华南作物基因资源与种质创制重点实验室

关键词： 狗牙根(Cynodon dactylon(Linnaeus)Persoon);SSR-PCR;正交设计;方差分析

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2016 年 35 卷 01 期

页码： 198-205

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了对狗牙根进行SSR-PCR分子标记分析,本研究对狗牙根的SSR-PCR反应体系进行了优化,利用L16(45)正交设计对狗牙根SSR-PCR反应体系中的Taq酶、Mg~(2+)、dNTPs和引物4个因素的多个水平进行了筛选,PCR结果用SAS进行方差分析,并利用筛选出的最优体系对退火温度进行了筛选。结果表明:(1)Taq酶、Mg~(2+)和引物3个因素对狗牙根SSR-PCR扩增结果有极显著影响,影响程度为Taq酶>Mg~(2+)>引物,而d NTPs对扩增结果影响不显著;(2)筛选出了20μL的狗牙根SSR-PCR最优反应体系为0.5 U Taq酶、2 mmol/L Mg~(2+)、0.4μmol/L引物、0.2 mmol/L dNTPs、30~60 ng模板DNA;(3)退火温度50~62℃对本试验所选引物的SSR-PCR扩增结果影响不大,本研究选用55℃作为退火温度。

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