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芥菜全基因组中Hsf基因家族鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨巍 1 ; 唐兵 1 ; 谭国飞 1 ; 付文苑 1 ; 王青青 1 ; 曾庆鸿 1 ; 王洪亮 1 ; 马建云 1 ; 张睿 1 ; 施绍斌 1 ; 邓英 1 ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院园艺研究所;贵州省园艺工程技术研究中心;贵州省农业科技发展中心;威宁县农业农村局;威宁县大西北种养殖专业合作社

关键词： 芥菜;热激转录因子;生物信息学;表达分析

期刊名称： 四川农业大学学报

ISSN： 1000-2650

年卷期： 2023 年 41 卷 002 期

页码： 295-306

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]通过鉴定与分析芥菜基因组中Hsf转录因子家族成员,为芥菜Hsf基因功能研究与遗传改良提高抗逆性提供理论依据.[方法]利用生物信息学方法分析芥菜Hsf热激转录因子家族成员的功能结构、保守基序、启动子顺式作用元件、系统进化、共线性及采用RNA-seq验证Hsf低温胁迫的基因表达.[结果]芥菜基因组中鉴定出71个Hsf基因家族成员,分布于18条染色体上,归类为3个亚家族,蛋白均含有DBD和HR-A/B结构域.BjuHsf启动子区域包含与逆境胁迫、激素、生长发育等相关顺式作用元件.系统进化与共线性分析表明,芥菜Hsf家族成员与大白菜Hsf家族成员具有更近的亲缘关系.在低温胁迫下,BjuHsf基因表达分析表明8个BjuHsf基因显著上调表达.[结论]这些显著差异表达BjuHsf基因与芥菜抗寒性极其相关,可作为芥菜耐寒性遗传改良的候选基因.

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