文献类型： 中文期刊

作者： 杨巍 ¹ ; 唐兵 ¹ ; 付文苑 ¹ ; 陶莲 ¹ ; 莫传园 ¹ ; 张宝会 ¹ ; 穆雪 ¹ ; 奥宁 ¹ ; 张雪蓉 ² ; 王明媚 ³ ; 邓英 ¹ ;

作者机构： 1.贵州省园艺研究所

2.贵州农业职业学院

3.安顺学院农学院

关键词： 莙荙菜;叶绿体基因组;密码子;简单重复序列(SSR);系统发育树

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2025 年 53 卷 005 期

页码： 83-89

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】探明莙荙菜叶绿体基因组的特征及其系统发育关系，为莙荙菜的物种鉴定、遗传进化研究和品种改良提供理论基础。【方法】选取贵州地区的莙荙菜地方品种作为研究材料，借助Illumina高通量测序技术测序，运用GetOrganelle软件进行序列拼接，通过Geseq及网页服务器对序列进行注释，利用CodonW 1.4.2软件分析密码子偏好性，采用MISA在线软件识别SSR位点，并利用Mafft和fasttree构建系统发育树。【结果】成功完成莙荙菜叶绿体基因组的组装，莙荙菜叶绿体基因组全长为149 703 bp，呈典型的二链环状四分体结构，包含131个基因，存在64种密码子，除去UAA、UAG、UGA为终止密码子，其余密码子编码了组成蛋白质的20种氨基酸，其中，亮氨酸的编码率最高，且使用频率较高的同义密码子大多以A/U结尾。此外，共识别出59个SSR位点，其中，单核苷酸重复（A/T）的数量最多。系统发育分析显示，莙荙菜与甜菜、菠菜的亲缘关系较密切。【结论】莙荙菜的叶绿体基因组全长149 703 bp，与甜菜的亲缘关系最为紧密。