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基于转录组的唐古特白刺密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张得芳 1 ; 夏涛 2 ;

作者机构： 1.青海省农林科学院

2.青海之也科技咨询有限公司

关键词： 唐古特白刺;转录组;密码子使用模式;高频密码子

期刊名称： 干旱区资源与环境

ISSN：

年卷期： 2021 年 012 期

页码： 163-170

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过分析唐古特白刺转录组测序数据,从中筛选出28614条高质量序列为研究对象,利用CodonW、Excel等软件分析密码子偏好性使用规律。结果表明:唐古特白刺有效密码子数值分布在23.71-61之间,小于35的有94条,密码子的偏好性较弱,GC3S的平均含量为37.53%,说明唐古特白刺密码子第3位主要以A、T结尾。中性绘图、ENc-GC3S分析、偏倚分析结果表明,唐古特白刺转录组密码子偏好性主要受突变压力的影响;以ENc值和RSCU值为参考标准,最终确定28个高频密码子（RSCU>1）,其中以AU结尾的有25个,以G结尾的有3个,10个最优密码子中,9个以AU结尾,说明唐古特白刺转录组偏好以A/U结尾的密码子。经过对25种植物最优密码子的偏好性分析,真菌类以G/C结尾,双子叶植物多数以A/U结尾,密码子偏好性没有明显的规律性;15种植物的叶绿体基因组最优密码子的GC3S数值在27-29之间,均以A/U结尾,呈现明显选择限制。研究结果为深入了解白刺转录组编码序列的碱基含量、密码子偏向性等基因序列特征提供信息,为有效的利用野生唐古特白刺资源提供理论基础。

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