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基于GBS技术的新杨绿壳纯系蛋鸡SNPs检测

文献类型： 中文期刊

作者： 张彩云 1 ; 王晓亮 1 ; 涂盈盈 1 ; 叶绍辉 1 ; 姚俊峰 1 ; 杨长锁 1 ;

作者机构： 1.云南农业大学动物科学技术学院;上海市农业科学院;国家家禽工程技术研究中心

关键词： GBS;SNP;新杨绿壳纯系蛋鸡

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2018 年 13 期

页码： 7-10

收录情况： 北大核心

摘要： 研究选取291只新杨绿壳纯系蛋鸡,利用Hi Seq2500测序仪对试验鸡群进行GBS测序,检测群体SNPs。结果获得267.402 Gb有效数据,平均每个样本918.910 Mb,平均测序深度为10.15,平均覆盖度为15.46%,Q30≥85%。经过严格过滤后,最终鉴定421 142个高质量SNPs(MAF≥5%),其中4 682个(1.11%)SNPs位于外显子上,8 727个(2.07%)位于基因上下游1 kb区域内,183 821个(43.65%)SNPs在内含子区域,位于基因间的SNPs有220 779个(52.42%)。将这些高质量SNPs与db SNP库进行比对,发现45 034个新的SNPs,约占总SNPs的10.4%。研究表明,GBS技术适用于新杨绿壳纯系蛋鸡基因组的SNPs开发,成本低,可为后续经济性状的全基因组关联分析和全基因组选择提供更丰富的遗传标记。

  • 相关文献

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[12]Genetic Diversity of the Melanocortin 4 Receptor (MC4R) Gene and its Association with Slaughter Traits in the Landes Goose. Huang, Yi,Wang, Yan,Liu, Yiping,Huang, Yi,He, Daqian. 2010

[13]Ontogenic Expression Pattern and Genetic Polymorphism of the Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (PPAR-gamma) Gene in Goose Populations. Wu, Hua-Li,Wang, Hui-Ying,He, Da-Qian,Liu, Yi,Gong, Shao-Ming,Wu, Hua-Li,Kong, Fan-Li,Zhu, Qing. 2012

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