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芝麻全基因组Hsp70基因的鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 徐剑文 1 ; 赵君 2 ; 刘剑光 2 ; 肖松华 3 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院经济作物研究所

2.;江苏省农业科学院经济作物研究所

3.;江苏省农业科学院经济作物研究所;

关键词： 芝麻;Hsp70基因;生物信息学分析

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 493-502

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用隐马可链夫模型(HMM)对芝麻全基因组Hsp70基因进行了系统分析,共鉴定出21个Hsp70基因,其中17个属于Dnak基因亚家族,4个属于Hsp110/SSE基因亚家族。根据系统进化树分析和亚细胞定位结果,将芝麻21个Hsp70基因分为6个亚组,其中I亚组3个,定位于叶绿体;II亚组2个,定位于线粒体;III亚组5个,定位于内质网;IV亚组6个,定位于细胞质基质;V亚组4个,属于Hsp110/SSE基因家族;VI亚组1个。芝麻Hsp70基因启动子区域顺式作用元件功能预测结果显示,Hsp70基因参与芝麻的生长发育和逆境胁迫响应等生理过程。

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