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橡胶林土壤宏基因组文库的构建及分析

文献类型: 中文期刊

作者: 陈旭玉 1 ; 周亚奎 2 ; 贺春萍 3 ; 余贤美 4 ; 郑服丛 5 ;

作者机构: 1.海南大学环境与植物保护学院

2.中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所海南分所

3.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

4.农业部热带农林有害生物入侵监测与控制重点开放实验室

5.海南省热带农业有害生物检测监控重点实验室

关键词: 土壤微生物;宏基因组文库;序列分析

期刊名称: 热带作物学报

ISSN: 1000-2561

年卷期: 2008 年 29 卷 05 期

页码: 74-78

收录情况: CSCD

摘要: 构建包含了7680个克隆子的橡胶林土壤宏基因组文库,76.2%的质粒含有外源DNA,插入片段的平均大小约为4.3kb,DNA文库的容量约为32.25MB。随机挑取20个克隆子进行测序,NCBI的Blastx分析结果发现,3号与不能培养的微生物(Candidatus kuenenia)有一定的同源性。5号与Rickettsiella grylli的同源性达83%,可以初步推断其功能为吡哆醛生物合成裂解酶PdxS。11号和16号与分类地位尚未确定的细菌(Solibacter)有同源性,随机测序的这20个序列中,部分序列除与裂解酶、蛋白酶、激酶等蛋白有一定的同源性外,有5个与功能尚不清楚的蛋白有一定的同源性,其中13号与假定蛋白pEA28_01的同源性达100%。

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