文献类型： 中文期刊

作者： 张倩 ¹ ; 何延华 ¹ ; 韩猛立 ¹ ; 黄新 ¹ ; 张星星 ¹ ; 吴桐忠 ¹ ; 钟发刚 ¹ ; 王震 ² ;

作者机构： 1.新疆农垦科学院

2.石河子大学科技学院

关键词： 牛病毒性腹泻病毒;非结构蛋白NS3;抗原表位;跨膜区;信号肽;修饰化位点

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2020 年 014 期

页码： 73-76,152-153

收录情况： 北大核心

摘要： 为了了解牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3的基本结构与生物学功能,试验利用Protparam,ProtScale,TMHMM,SignalP,Virus-mPLoc,SOPMA,Phyre 2,NetOGlyc 4.0 Server,NetPhos 3.1 Server,NetAcet 1.0 Server,Predicting Anti-genic Peptides,ABCpred,NetMHCIIpan 3.1 Server等软件,对BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3进行生物信息学分析,包括NS3蛋白的理化性质、亲水性、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测二级结构和三级结构、抗原决定簇、潜在的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位,评估糖基化、磷酸化和乙酰化修饰位点.结果表明:BVDV新疆分离株(GenBank登录号为JN704144.1)的非结构蛋白NS3共有683个氨基酸,包含20种氨基酸,分子式为C3338H5328N914O1009S27,相对分子质量为75 274.16,理论等电点为8.15.266个氨基酸参与无规律卷曲的形成,213个氨基酸参与α-螺旋的形成,147个氨基酸参与延伸链的形成,57个氨基酸参与β-转角的形成;构建的三级结构模型可信度为100%,蛋白覆盖率为91%;该蛋白质含有20个潜在的糖基化修饰位点,74个磷酸化修饰位点.该蛋白含有26个潜在抗原决定簇,其中B细胞抗原表位7个.对非结构蛋白NS3的CD4+抗原表位进行预测,得到78个肽段,其中有15个强结合肽段和63个弱结合肽段.说明该蛋白具有较好的免疫原性,为亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,定位于宿主的细胞质中.