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白羊草转录组和差异性表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 方志红 1 ; 石永红 1 ; 吴欣明 1 ; 任彬琳 1 ; 张燕 1 ; 贾会丽 1 ; 郭璞 1 ; 池惠武 1 ; 李莲芬 1 ; 王运琦 1 ; 董宽虎 1 ; 刘建宁 1 ;

作者机构： 1.山西省农业科学院畜牧兽医研究所;山西农业大学动物科技学院

关键词： 白羊草;转录组;RNA测序;表达分析;差异性表达基因;代谢通路

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2018 年 35 期

页码： 111-119

摘要： 为了获得白羊草(Bothriochloa ischaemum)转录组数据库和差异表达基因,通过Illumina HiSeq4000高通量测序技术对白羊草对照组和干旱胁迫组进行转录组测序。经组装分析共获得118580条Unigenes;将所得到的Unigenes与基因库数据进行比较,对Unigenes进行功能注释,共50070条Unigenes获得功能注释。白羊草转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类共54个分支。通过将所有Unigenes与KOG数据库比对,共有1586条Unigenes可归为25类。以KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。通过差异性分析发现,差异性表达基因共3987条,其中上调基因占39.45%,下调基因占60.55%。本研究为白羊草分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源。

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