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西瓜防御素(ClPDF)基因挖掘及序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张曼 1 ; 羊杏平 1 ; 徐锦华 1 ; 刘广 1 ; 姚协丰 1 ; 李苹芳 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院蔬菜研究所

关键词： 西瓜;防御素;基因进化;生物信息学

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2013 年 28 卷 01 期

页码： 1-6

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为明确西瓜防御素基因(ClPDF)的结构和功能,采用生物信息学方法对西瓜防御素基因进行了详细的全基因组挖掘和序列分析。结果表明,从西瓜基因组中共获得7个防御素基因,ClPDFs基因编码的氨基酸序列都含有高度保守的8个半胱氨酸、1个甘氨酸、1个丝氨酸和1个芳香族氨基酸残基。分析发现,ClPDFs基因在理化性质上有一定的差异。系统进化分析说明,ClPDFs与拟南芥PDF2基因家族聚为一类。二级结构预测结果说明,所有ClPDFs序列均以不规则卷曲为主要组成元件,在延伸链和α-螺旋组成上存在差异。信号肽和跨膜结构预测结果相似,仅有1条序列无信号肽,1条序列有跨膜区,而其他序列都含有信号肽、无跨膜区。证明了西瓜防御素基因为多基因家族,都含有高度保守的结构域,但在结构上西瓜防御素基因差异较大,为进一步探讨西瓜防御素ClPDFs的生物功能奠定了基础。

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