文献类型： 中文期刊
作者： 马娟 1 ; 曹言勇 1 ; 朱卫红 1 ;
作者机构： 1.河南省农业科学院粮食作物研究所
关键词： 全基因组关联分析衍生标记;全基因组预测;基因组最佳线性无偏预测;再生核希尔伯特空间;贝叶斯A
期刊名称： 植物遗传资源学报
ISSN： 1672-1810
年卷期： 2021 年 006 期
页码： 1708-1715
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 穗轴粗和出籽率均是典型的数量性状,在不同程度上影响玉米产量。全基因组选择整合全基因组关联分析（GWAS,genome-wide association study）的先验信息是提高性状预测准确性的有效方法。本研究利用309份玉米自交系穗轴粗和出籽率表型和基因分型测序技术获得的基因型数据,研究基因组最佳线性无偏预测（GBLUP,genomic best linear unbiased prediction）、贝叶斯A（Bayes A）和再生核希尔伯特空间（RKHS,reproducing kernel Hilbert space）模型对2种GWAS方法即固定和随机模型交替概率统一（FarmCPU,fixed and random model circulating probability unification）和压缩混合线性模型（CMLM,compressed mixed linear model）衍生的不同数量标记集、随机选择标记集和所有标记对预测准确性的影响。对于2个性状FarmCPU和CMLM衍生标记集,3个预测模型间的预测准确性差异较小,差值变异范围介于0～0.03。对于随机标记集,相比其他2个模型的预测准确性,RKHS对穗轴粗可提高3.57%～15.91%,而3个预测模型对出籽率具有相似的预测效果。除了50和100个标记,3个模型利用CMLM衍生标记对2个性状的预测效果均优于FarmCPU。相比随机标记集,穗轴粗GWAS衍生标记的预测准确性可提高15.52%～88.37%;出籽率利用衍生标记可提高1～5.89倍。所有衍生标记集的预测准确性均高于所有标记。这些结果均表明,全基因组选择整合GWAS衍生标记有利于提高穗轴粗和出籽率的预测准确性。
- 相关文献
作者其他论文 更多>>
-
河南省水稻种质资源调查收集与鉴定评价
作者：杨文博;秦子钰;马锦霞;王生轩;王能波;李晶晶;曹言勇
关键词：水稻;种质资源;普查收集;鉴定评价;河南省
-
整合转录组和代谢组学分析揭示玉米对层出镰孢茎腐病的响应机制
作者：曹言勇;程泽强;马娟;杨文博;朱卫红;孙新艳;李慧敏;夏来坤;段灿星
关键词：转录组;代谢组;玉米茎腐病;层出镰孢;苯丙氨酸代谢
-
玉米穗粗一般配合力多位点全基因组关联分析和基因组预测
作者：马娟;黄璐;宇婷;郭国俊;朱卫红;刘京宝
关键词：玉米;穗粗;一般配合力;多位点全基因组关联分析;基因组选择;固定效应模型
-
玉米茎腐病致病菌全基因组分泌蛋白预测与分析
作者：曹言勇;张立立;李慧敏;韩胜博;侯梦薇;段灿星;施艳;张新友
关键词：玉米;九州镰孢菌;生物信息学;分泌蛋白
-
玉米杂交群体产量性状及其特殊配合力全基因组关联分析
作者：马娟;曹言勇
关键词：玉米;杂交种;特殊配合力;全基因组关联分析
-
葡萄园"五统一"推广模式的探索与示范效果
作者：吕中伟;朱卫红;娄玉穗;吴文莹;尚泓泉;崔小月
关键词：阳光玫瑰葡萄;五统一示范推广模式;避雨栽培;土壤改良
-
玉米农艺性状配合力全基因组关联分析和预测
作者：马娟;刘京宝;朱卫红;黄璐;宇婷;乔江方
关键词：一般配合力;多位点全基因组关联分析;基因组选择
