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脊尾白虾血细胞全长cDNA文库的构建及EST序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 段亚飞 1 ; 刘萍 2 ; 李吉涛 2 ; 李健 2 ; 陈萍 2 ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产与生命学院

2.上海海洋大学水产与生命学院;中国水产科学研究院黄海水产研究所

关键词： 脊尾白虾;血细胞;cDNA文库;EST;序列分析

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2013 年 02 期

页码： 243-249

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因同源性较高,2条为未知基因,48条未知序列。通过同源性比较筛选出多个与生长、代谢、免疫等相关的功能基因,如肌钙蛋白Ⅰ、烯醇酶、抗脂多糖因子、溶菌酶等基因。结果证实,所构建的脊尾白虾血细胞全长cDNA文库质量较高,可在短期内获得大量脊尾白虾血细胞组织的功能基因表达信息。本研究旨在为脊尾白虾功能基因的发掘和分子标记的筛选提供素材。

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