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大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 刘新雨 1 ; 田洁 1 ;

作者机构： 1.青海大学农林科学院/青海省蔬菜遗传与生理重点实验室

关键词： 大蒜;转录组;简单重复序列标记;多态性

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2020 年 009 期

页码： 1615-1625

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性.结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点.单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%.利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带.UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群.综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强.

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