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黄瓜扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 郝西 1 ; 理向阳 1 ; 腊贵晓 1 ; 代丹丹 1 ; 杨铁钢 1 ;

作者机构： 1.河南省农业科学院经济作物研究所农业部中原地区作物栽培科学观测实验站

关键词： 黄瓜;扩展蛋白;生物信息学;基因家族

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 10 期

页码： 2280-2289

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 扩展蛋白(expansins)是植物细胞壁的重要组成部分,能够引起细胞壁组分间松驰和细胞壁柔韧性增加,在植物的许多生长发育过程中发挥作用。为了揭示黄瓜扩展蛋白基因家族的功能,本研究利用全基因组测序数据鉴定黄瓜扩展蛋白基因家族,分析其结构特征及系统发育关系。黄瓜基因组测序数据分析显示,黄瓜扩展蛋白基因家族包含35个成员,包括A(21)、B(3)、LA(9)和LB(2)4个亚家族,分布在黄瓜7条染色体上。扩展蛋白氨基酸长度范围为206-295,编码蛋白质具有保守的结构域,蛋白质亚细胞定位预测结果表明所有蛋白均定位于细胞外。基因结构分析表明,黄瓜扩展蛋白四个亚家族的平均内含子数目分别为A类1.8个,B类2.7个,LA类3.8个和LB类3.5个。基因表达分析发现,该家族基因在黄瓜雌雄花蕾及果实发育过程中表达丰度较高。本研究分析了黄瓜扩展蛋白基因家族的基本信息,可为深入研究其扩展蛋白基因的分子进化与生物学功能奠定基础。

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