文献类型： 中文期刊
作者： 王勋功 1 ; 李迎 2 ; 甄毓 2 ; 米铁柱 2 ; 贺惠 2 ; 张玉 3 ;
作者机构： 1.海洋环境与生态教育部重点实验室;中国海洋大学环境科学与工程学院;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室;中国海洋大学海洋生命学院
2.;海洋环境与生态教育部重点实验室;中国海洋大学环境科学与工程学院;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室;中国海洋大学海洋生命学院
3.;海洋环境与生态教育部重点实验室;中国海洋大学环境科学与工程学院;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室;中国海洋大学海洋生命学院;
关键词： 16S rRNA;454焦磷酸测序;Illumina测序;微生物群落
期刊名称： 海洋环境科学
ISSN： 1007-6336
年卷期： 2018 年 05 期
页码： 766-772+791
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 作为第二代测序技术的主要平台,454和Illumina测序方法在微生物核酸分析方面有着广泛应用。本研究以16S rRNA基因为标靶,分别采用454和Illumina测序技术对长江口邻近海域表层沉积物中的微生物DNA进行分析,通过对序列长度、微生物群落多样性及组成进行比较,分析两种方法在沉积物微生物群落结构研究方面的适用性。结果表明,Illumina测序获得的序列数和OTU数要多于454,其中获得的OTUs中以非优势菌群为主。Illumina与454相比能够检出更多微生物菌群,且检测到的稀有菌群占有较大比例。综上可知,Illumina测序技术在分析微生物群落多样性及物种组成方面要优于454测序技术,454的长序列优势并未能体现出来,且454测序技术可能低估了微生物组成及其多样性。
- 相关文献
[1]零换水条件下养殖水体中碳氮比对生物絮团形成及团头鲂肠道菌群结构的影响. 孙盛明,朱健,戈贤平,江晓浚. 2015
[2]池塘水体微生物群落代谢活性的动态变化及其与水质的关系. 曹煜成,文国樑,袁翠霖,杨莺莺,胡晓娟. 2013
[3]An outbreak of granulomatous inflammation associated with Francisella noatunensis subsp orientalis in farmed tilapia (Oreochromis niloticus x O-aureus) in China. Lin Qiang,Li Ningqiu,Fu Xiaozhe,Hu Qiandong,Chang Ouqin,Liu Lihui,Zhang Defeng,Wang Guangjun,Wu Shuqin,Lin Qiang,Li Ningqiu,Fu Xiaozhe,Liu Lihui,Zhang Defeng,Wu Shuqin,San Guibao. 2016
[4]Diversity of bacterioplankton in the surface seawaters of Drake Passage near the Chinese Antarctic station. Xing, Mengxin,Li, Zhao,Wang, Wei,Sun, Mi. 2015
[5]Nocardia seriolae infection in cultured jade perch, Scortum barcoo. Wang, Fang,Liu, Chun,Chang, Ouqin,Feng, Yongyong,Jiang, Lang,Li, Kaibin,Wang, Xuguang. 2017
[6]Isolation, pathogenicity and characterization of a novel bacterial pathogen Streptococcus uberis from diseased mandarin fish Siniperca chuatsi. Luo, Xia,Fu, Xiaozhe,Liao, Guoli,Chang, Ouqin,Huang, Zhibin,Li, Ningqiu,Fu, Xiaozhe,Li, Ningqiu.
[7]Furunculosis in Farm-Raised Brachymystax lenok in China. Li, Shaowu,Wang, Di,Liu, Hongbai,Mou, Zhenbo,Lu, Tongyan. 2016
[8]Large-scale seaweed cultivation diverges water and sediment microbial communities in the coast of Nan'ao Island, South China Sea. Xie, Xinfei,Yang, Yufeng,Xie, Xinfei,He, Zhili,He, Zhili,Hu, Xiaojuan,Yin, Huaqun,Liu, Xueduan.
[9]Taxonomic status of Chinese bahaba (Bahaba taipingensis) and its phylogenetic relationship with other species in the family Sciaenidae. He, Wei,Lu, Ning-Ning,Lu, Wei-Hua,Li, Xi-Guo,Sun, Dong-Fang,Li, Yong-Zheng.
[10]我国东南沿海厚壳贻贝(Mytilus coruscus)4个群体线粒体16S rRNA序列及遗传结构分析. 叶莹莹,徐梅英,郭宝英,吴常文. 2012
[11]舌鳎亚科鱼类单系起源和同种异名的线粒体DNA证据. 柳淑芳,刘进贤,庄志猛,高天翔,韩志强,陈大刚. 2010
[12]虹鳟肠炎红嘴病病原菌的确定及其生长特性研究. 连浩淼,卢彤岩,刘红柏,尹家胜,张辉,李绍戊. 2015
[13]云斑尖塘鳢烂身病病原分离鉴定及药敏试验. 麦耀宝,陈智光,陈灼均,李本旺,林强. 2018
[14]中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究. 马春艳,沈盎绿,马凌波,倪勇,张永. 2010
[15]瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚线粒体16S rRNA基因的序列分析. 李莉好,郭奕惠,黄桂菊,江世贵,贾晓平,喻达辉. 2007
[16]中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析. 周发林,江世贵,姜永杰,黄建华,马之明. 2009
[17]一株好氧反硝化细菌的分离鉴定及反硝化能力初测. 战海,王广军,陈成勋. 2017
[18]鲢病原嗜水气单胞菌分离鉴定及检测方法的建立. 梁利国,谢骏,叶诗尧. 2013
[19]基于线粒体16S rRNA和COI序列的江苏启东海域4种贝类遗传多样性分析. 闫永斌,葛玉双,程起群,范瑞良,李楠楠,全为民. 2022
[20]海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性. 周发林,江世贵,姜永杰,黄建华,马之明. 2006
作者其他论文 更多>>
-
基于生命周期法的凡纳对虾池塘养殖碳足迹评估
作者：王云飞;王新萌;李迎;于金珍;孔杰;张继红
关键词：凡纳对虾;碳足迹;池塘养殖;生命周期评价法
-
聚苯乙烯纳米塑料对中肋骨条藻的毒性效应
作者：张秀丽;甄毓;张鑫;景宗学;华金来;刘浩源
关键词：聚苯乙烯;中肋骨条藻;活性氧;抗氧化物酶;细胞凋亡
-
除草剂对海草的影响研究进展
作者：刘明杰;高亚平;张玉;岳世栋;周毅
关键词：海草;除草剂胁迫;叶绿素荧光;生态风险评估
-
福建沿海鲸鲨时空分布初探及保护对策
作者：程昊;高旻昊;赵丽媛;曾千慧;雍李明;张语克;甄毓;王先艳
关键词：海洋生物学;鲸鲨;误捕;搁浅;时空分布;保护对策
-
渤海沉积物中产甲烷途径及产甲烷菌群落特征
作者：许晓晴;陈烨;甄毓;米铁柱;李晶;刘昌岭
关键词：产甲烷菌;沉积物;甲基营养型;H_2/CO_2还原型;渤海
-
春季黄、渤海沉积物中CH4和N2O的垂向分布特征研究
作者：李思琦;陈烨;尹霞;臧昆鹏;甄毓
关键词：甲烷;氧化亚氮;渤海;黄海
-
海底地下水排放对南黄海沿岸海水细菌群落结构的影响
作者：张胜东;赵世彬;陈烨;杨迪松;许博超;甄毓
关键词：海底地下水排放;微生物群落;同位素地球化学
