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硫酸盐还原细菌类LuxR家族调控蛋白生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 陈伟 1 ; 刘晓艳 1 ; 朱镭 1 ;

作者机构： 1.湖北省农业科学院湖北省生物农药工程研究中心/国家生物农药工程技术研究中心/湖北省农业科技创新中心生物农药分中心

关键词： 硫酸盐还原细菌;群体感应;调控基因;生物信息学

期刊名称： 湖北农业科学

ISSN： 0439-8114

年卷期： 2022 年 61 卷 024 期

页码： 177-184

收录情况： 北大核心

摘要： 以SRB研究模式菌株Desulfovibrio vulgaris Hildenborough为研究对象,对参与生物被膜的形成、调控的群体感应系统相关基因进行分析,发现3个潜在的类LuxR家族调控因子基因citB1、citB2和citB3,对其编码的蛋白质序列进行了生物信息学分析.结果表明,citB1基因编码216个氨基酸,citB2基因编码227个氨基酸,citB3基因编码215个氨基酸,彼此之间氨基酸一致性在28.99%~37.79%.3个蛋白质序列均含有N端信号接收保守结构域和C端LuxR家族DNA结合调控保守结构域,二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲.同源性比对分析发现,3个蛋白在DNA结合调控保守结构域序列较为保守,而在信号接收结构域变异较大,推测可能与接受不同信号分子有关.系统发育分析表明,CitB1和CitB3蛋白发挥的信号接收方式、下游基因调控功能在SRB群体中可能具有普遍性,CitB2蛋白的信号接收方式及基因调控可能具有特异性.结果表明,SRB中可能存在新型群体感应信号接收及调控机制.

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