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贵州武陵山地区19份柚资源的遗传多样性

文献类型： 中文期刊

作者： 王小柯 1 ; 郑乾明 1 ; 罗怿 1 ; 李文云 1 ; 柏自琴 1 ; 李金强 1 ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院果树科学研究所

关键词： 柚;单核苷酸多态性;核苷酸多样性;遗传多样性

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 75-80

摘要： 为保护野生和地方柚品种资源、挖掘优良性状,采集贵州武陵山地区19份柚样品,提取总DNA,利用Illumina HiSeq 4000PE150测序,构建GBS(Genotyping-by-Sequencing)文库;使用Samtools软件进行SNP(Single Nucleotide Polymorphism)检测;基于SNP基因分型结果采用邻接法构建系统进化树,对19份柚资源进行遗传多样性分析。结果表明:19份柚资源测序总碱基数5.61Gbp且测序质量较高,平均测序深度10.67,与柚参考基因组的平均比对匹配率为98.47%。共获得79 825个高质量的SNP位点,所有SNP位点在柚基因组9条染色体上基本均匀分布。系统进化树显示19份样品被聚为3个主要的类群且遗传差异较小。

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