文献类型： 中文期刊

作者： 畅孟阳 ¹ ; 李彬 ² ; 荣小军 ² ; 王锦锦 ² ; 于永翔 ² ; 王印庚 ² ; 廖梅杰 ² ; 张正 ² ; 范瑞用 ³ ; 刘清兵 ³ ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产与生命学院

2.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

3.青岛瑞滋集团有限公司

关键词： 刺参;microRNA;灿烂弧菌;胁迫应答;靶基因;miRNA-mRNA调控网络

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2023 年 002 期

页码： 107-117

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： microRNA参与基因的转录后调控，在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参（Apostichopusjaponicus）病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一，而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌（Vibriossplendidus）为侵染菌株，通过人工侵染实验制备患病刺参样本，采用miRNA-seq技术对侵染组（PT16S）和对照组（PT10H）各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序，通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析，筛选差异表达miRNAs （DEmiRNAs）并预测其靶基因，构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示，PT10H组平均得到5 902 588条有效序列，194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列，182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析，共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs（P≤0.05），上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因，注释到585个GO terms及24条信号通路（P≤0.05），下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因，注释到514个GOterms以及22条信号通路（P≤0.05）。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR （qRT-PCR）验证，显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络，结果显示，13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的m RNAs和109个与Notch信号通路相关的m RNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。