文献类型： 中文期刊
作者： 张晓峰 1 ; 孙效文 1 ;
作者机构： 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业部水产生物技术重点开放实验室
关键词： 鲤鱼;斑马鱼;同义密码子使用偏性;最优密码子;GC含量
期刊名称： 水产学杂志
ISSN： 1005-3832
年卷期： 2010 年 23 卷 04 期
页码： 23-29
摘要： 本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(Fop)与基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.2832和-0.2390)。表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。
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