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水产动物基因组近交分析软件的开发和应用

文献类型： 中文期刊

作者： 栾培贤 1 ; 张晓峰 1 ; 户国 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

关键词： 水产动物;基因组近交估计;基因组亲缘关系分析;软件

期刊名称： 水产学杂志

ISSN： 1005-3832

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 79-84

摘要： 水产动物种质资源保存和管理工作中需要分析基因组亲缘关系及近交水平,为此开发了一套水产动物基因组近交分析软件工具包。该软件工具包从高通量基因分型数据预处理起始,以多种统计基因组学分析方法解析、呈现群体遗传特征,提供如基因组共祖系数（Genomic coancestry coefficient）、显性亲缘关系（Dominance coefficient）、血缘同源（Identity by descent,IBD）、状态同源（identical by state,IBS）、基因组近交系数（Genomic inbreeding coefficient）、多维标度分析（Multidimensional scaling,MDS）及群体遗传结构分析等基因组亲缘关系及近交水平参数分析计算方法。该软件是在Windows操作系统下,基于VB.NET 2012语言和多种开源工具包开发完成,可在安装有Microsoft.NET Framework 4.0运行环境的Windows 10操作系统上运行。该软件工具包已经应用在白斑狗鱼Esox lucius种质资源评价及保种项目中。该软件的推广和应用有望提升渔业资源养护领域的保种技术水平,推动我国水产动物种质资源保存及管理工作的发展。

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