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玉米SEs基因家族生物信息学分析

文献类型: 中文期刊

作者: 吴立仁 1 ; 张冬雪 2 ; 唐贵 2 ; 隋冬华 2 ; 武新娟 2 ; 高佳缘 2 ; 王腾 2 ; 王璐瑶 2 ;

作者机构: 1.黑龙江省农业科学院经济作物研究所

2.黑龙江省农业科学院乡村振兴科技研究所

关键词: 玉米;鲨烯环氧酶;生物信息学

期刊名称: 黑龙江农业科学

ISSN: 1002-2767

年卷期: 2022 年 007 期

页码: 14-19

摘要: 为获悉玉米SEs基因家族的功能和系统进化关系,利用生物信息学方法对玉米SEs基因家族进行鉴定,同时分析其家族成员理化性质、蛋白质二级结构、进化关系、基因结构、保守结构、氨基酸序列、染色体及启动子顺式作用元件。结果表明,在玉米中共鉴定到10个SEs基因家族成员,编码蛋白质的氨基酸序列长度为320~534 aa,分子量大小为33.85~56.94 kDa,等电点为6.57~9.15;亚细胞定位预测结果表明大部分玉米SEs蛋白定位在细胞质和原生质;系统进化树将玉米SEs基因家族分为3支;基因结构的保守基序分析说明玉米SEs基因家族存在一定的差异性;10个玉米SEs基因家族成员主要分布在Chr1、Chr5和Chr9上;氨基酸多序列比对分析表明10个玉米SEs基因家族成员存在一定的结构相似性;蛋白序列中存在10种Motif;启动子顺式作用元件分析表明玉米SEs基因主要受光响应、茉莉酸信号响应调控。

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