文献类型： 中文期刊
作者： 贾新平 1 ; 孙晓波 2 ; 邓衍明 2 ; 梁丽建 2 ; 叶晓青 2 ;
作者机构： 1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所
2.江苏省农业科学院农业生物技术研究所,江苏省农业生物学重点实验室
关键词： 鸟巢蕨;转录组;生物信息学;功能注释;SSR
期刊名称： 园艺学报
ISSN： 0513-353X
年卷期： 2014 年 41 卷 11 期
页码： 2329-2341
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对鸟巢蕨转录组(Asplenium nidus)进行测序,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(Unigene),平均长度936 bp,序列信息达到了40.16 Mb。数据库中的序列同源性比较表明,24 993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支,其中有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。SSR位点查找发现,从42 907个Unigene中共找到6 067个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列,设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测,其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。
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