您好,欢迎访问上海市农业科学院 机构知识库!

芝麻菜叶绿体基因组测序及系统发育关系分析

文献类型: 中文期刊

作者: 沈海斌 1 ; 卢盼玲 1 ; 吴珏 2 ; 刘军林 3 ; 魏仕伟 4 ; 张兆辉 5 ;

作者机构: 1.上海市农业科学院园艺研究所

2.上海奉贤区蔬菜技术推广站

3.威宁县农业农村局

4.上海市农业生物基因中心

5.上海市农业科学院庄行综合试验站

关键词: 芝麻菜(Eruca sativa);叶绿体基因组;高通量测序;系统发育分析

期刊名称: 分子植物育种

ISSN: 1672-416X

年卷期: 2022 年 20 卷 008 期

页码: 2495-2506

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 芝麻菜作为重要的油料作物和食用蔬菜,在中国种类繁多,分布广泛.叶绿体基因组因具有多拷贝,结构保守等优点,常被用于比较基因组学、植物遗传资源研究和系统进化等.本研究利用高通量测序技术对不同品种芝麻菜(Eruca sativa)的叶绿体全基因组进行测序,分析了芝麻菜叶绿体基因组结构特征及系统进化关系.为芝麻菜的分类、分子标记开发和遗传资源研究提供一定理论基础.芝麻菜品种ZY和LY的全基因组大小分别为153 628和153 488 bp,均具有高等植物叶绿体基因组四分体结构,包括大单拷贝区(LSC;83 325,83 313 bp)、小单拷贝区(SSC;17 789,17 783 bp)和一对反向重复区(IRa/b;26 257,26 196 bp).两者分别注释到112和113个单拷贝基因,其中ZY注释到78个mRAN基因和1个假基因,LY注释到79个mRNA基因,两者均注释到4个rRNA基因和30个tRNA基因.重复序列结果分析表明,ZY和LY叶绿体基因组中分别检测到55条和42条长重复序列;ZY和LY中均发现304个SSR位点,最多的是A/T核苷酸重复.比较基因组学分析结果表明,芝麻菜属和芸薹属植物叶绿体基因组高度保守,序列的种间变异高于种内,非编码区变异高于编码区.此外,种间和种内均筛选出2条核酸多样性较高的基因,分别为matK、rsp16.rpl32和rsp16.系统发育结果表明,本研究测得的2个芝麻菜品种和已发表的芝麻菜品种聚为一支(支持率为100%),芝麻菜与芸薹属植物欧洲油菜(Brassica napus)、甘蓝(Brassica oleracea)、芥菜(Brassica juncea)、芜菁(Brassica rapa)和萝卜(Raphanus sativus)亲缘关系更近.

  • 相关文献

[1]蛇足石杉一株盘菌目内生真菌的分类鉴定. 张桥,张杰,伍煜,罗慧琳,李传华. 2019

[2]鸡胚雌、雄性腺中基因转录表达谱的高通量测序分析. 何川,赵乐乐,高宏巍,蒲弘俊,陈永灿,朱丽慧,汤琳琳,杨凯旋,黄启忠,孟和. 2011

[3]鹅肝脏转录组分析. 刘毅,王翠,张静,王惠影,何大乾. 2015

[4]高通量基因组测序在农作物基因定位与发掘中的应用. 刘毅,余新桥,张安宁,王飞名,刘国兰. 2016

[5]双孢蘑菇发酵培养料细菌菌群结构及其功能预测. 隽加香,肖婷婷,王倩,宋晓霞,沈新芬,高飞,陈明杰,黄建春. 2019

[6]秸秆还田与施肥方式对稻麦轮作土壤细菌和真菌群落结构与多样性的影响. 张翰林,白娜玲,郑宪清,李双喜,张娟琴,张海韵,周胜,孙会峰,吕卫光. 2021

[7]光诱导香菇菌丝转色阶段的转录因子表达分析. 唐利华,鲍大鹏,万佳宁,李燕,王莹,谭琦. 2016

[8]菜田种养结合模式下施肥方式对土壤编码碱性磷酸酶基因微生物群落的影响. 何宇,吕卫光,郑宪清,张翰林,李双喜,张娟琴,张海韵,白娜玲. 2022

[9]基于高通量测序的肉牛垫料养殖床中细菌群落分析. 周德平,褚长彬,赵峥,姜震方,吴淑杭. 2016

[10]稻鳝种养模式对土壤氨氧化微生物群落多样性和结构的影响. 褚向乾,吕卫光,樊海丹,白娜玲,郑宪清,李双喜,张娟琴,张海韵,张月,张翰林. 2024

[11]基于形态学和宏基因组学的养殖蟹塘浮游植物群落分析. 张旭,周丽,蔡敏,崔娜欣,邹国燕,赵志勇,袁泉,黄伟伟,张亚雷. 2024

[12]应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响. 杨俊花,赵志辉,郭文博,郭晋丽. 2017

[13]3种培养基对鸡肉产品中两类耐药菌培养的影响. 黄柳娟,樊彦莉,钟海,蒋静,邵毅. 2023

作者其他论文 更多>>