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民猪全基因组序列测定与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张冬杰 1 ; 何鑫淼 1 ; 王文涛 1 ; 汪亮 1 ; 刘娣 1 ;

作者机构： 1.黑龙江省农业科学院畜牧研究所;农业农村部种养结合重点实验室

关键词： 民猪;SNPs;InDel;主成分分析;分子进化树

期刊名称： 东北农业大学学报

ISSN： 1005-9369

年卷期： 2018 年 49 卷 11 期

页码： 9-17

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 民猪是我国优良地方猪品种,具有高繁殖、耐粗饲、抗逆和肉质优良等特性,但遗传背景模糊。为合理保护和利用民猪资源,利用Illumina Hiseq2000测序平台,采用双末端测序方法,测定10头民猪和4头东北野猪全基因组序列,统计分析SNPs和InDel标记信息,利用NCBI数据库中已知的50个不同个体的SNPs信息作主成分分析并构建分子进化树,使用θπ和Fst两个参数筛选民猪和东北野猪基因组内受选择基因。结果表明,民猪基因组内检测8 255 874个SNPs,大量的SNPs发生在基因间区及内含子区;与猪dbSNP数据库相比,新发现7 739 173个SNPs;检测到739 647个InDel位点,其中纯合多于杂合位点。民猪在遗传距离上介于亚洲猪种和欧洲猪种之间,说明民猪在品种形成过程中,曾引入欧洲猪血统,东北野猪则与亚洲家猪和亚洲野猪聚为一类,符合其地理分布。民猪基因组内共181个基因受到选择,涉及能量代谢、脂质转运、脊椎及视神经发育等。东北野猪基因组内共411个基因受到选择,涉及神经系统、免疫应答、繁殖、线粒体能量代谢等。

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[1]民猪唾液酸合成酶基因的克隆、表达及进化分析. 张冬杰,刘娣,汪亮,杨国伟. 2011

[2]民猪与皮特兰猪杂交猪肉质研究. 何鑫淼,刘娣. 2013

[3]野猪骨桥蛋白基因表达及与家猪的对比分析. 张冬杰,刘娣,杨国伟,汪晓鸿,孙丽华. 2009

[4]黑龙江省野猪线粒体D-Loop区的生物信息学分析. 杨国伟. 2010

[5]InDel分子标记及其在水稻研究中的应用. 刘丹,孙玉友,魏才强,解忠,李洪亮,张巍巍,程杜娟,孙国宏,徐德海. 2017

[6]猪MB基因外显子3的多态性分析. 丁国杰,刘娣,戴秀丽,柴华. 2007

[7]猪TLR3基因变异位点分析. 李海涛,翟春媛,刘娣,杨秀芹. 2011

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[9]民猪的SLA-DRB基因的PCR-RFLP多态性分析. 张冬杰,杨国伟,刘娣. 2007

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[11]猪肌肉组织表达序列标签(ESTs)的分析. 王秀利,仇雪梅,刘娣. 2007

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[19]低温环境下民猪血液生化指标的研究. 王文涛. 2015

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