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辣木转录组SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张雅玲 1 ; 韦晓霞 1 ; 王小安 1 ; 潘少霖 1 ; 叶新福 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

关键词： 辣木;转录组;SSR

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2017 年 09 期

页码： 955-958

收录情况： 北大核心

摘要： 采用MISA对15 824条长度大于1kb的辣木Unigene进行SSR位点分布频率和基本特征的分析,共检测到8 272个SSR位点,分布于6 003条Unigene,SSR位点出现频率为52.28%,共包含114种重复单元。辣木转录组的SSR以单核苷酸重复为主,占总SSR的55.69%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的32.34%和11.24%。A/T、AG/CT和AAG/CTT是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸中的优势重复基元。辣木转录组SSR以10~20次重复为主,基序长度主要集中于12~19bp。结果表明辣木转录组中含有大量SSR,且类型丰富,可为辣木SSR引物开发提供候选序列。

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