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火龙果ICE1密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 钟秋珍 1 ; 钟春水 2 ; 赖瑞联 1 ; 林旗华 1 ; 韦晓霞 1 ; 张泽煌 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

2.福州外语外贸学院

关键词： 火龙果;ICE1;密码子偏好性;聚类分析

期刊名称： 中国果树

ISSN： 1000-8047

年卷期： 2025 年 011 期

页码： 89-94

收录情况： 北大核心

摘要： ICE1是植物响应低温胁迫的关键基因之一。为揭示火龙果ICE1密码子使用特征，采用CodonW1.4.2、IBM SPSS Statistics 25、MEGA 7等软件分析了火龙果ICE1密码子偏好性。结果表明，火龙果ICE1密码子偏好性较弱，但偏好使用含有A和T且以T结尾的密码子。中性分析、ENc对应分析与偏倚分析表明，ICE1密码子偏好性的形成可能主要受突变压力的影响，但仍存在其他的影响因素。基于同义密码子相对使用度分析发现，火龙果ICE1对28个密码子的偏好性较强，其中AGG、TCT和GTT可能是其最优密码子群。聚类分析结果表明，在较小分类单元范围内，基于ICE1密码子偏好性和基因序列相似性的聚类结果较为一致。研究结果为火龙果ICE1进化和功能研究奠定了基础。

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