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DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响

文献类型： 中文期刊

作者： 王朝江 1 ; 高春燕 1 ; 王世清 1 ; 李慧 1 ; 李聪 1 ;

作者机构： 1.河北省农林科学院遗传生理研究所

关键词： 太岁;里层样品;DNA提取前处理;细菌种群结构

期刊名称： 河南农业大学学报

ISSN： 1000-2340

年卷期： 2019 年 06 期

页码： 896-902

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3) 3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构。结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1 095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02%。细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60%。其中,假单胞菌属独占42.30%～56.35%,较之前研究结果变化最大。OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡。3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14%。

  • 相关文献

[1]太岁表层组织DNA提取前处理对细菌结构的影响. 王朝江,李慧,王世清,高春燕,李聪. 2019

[2]基于高通量测序技术对三种太岁样品细菌组成的分析. 王朝江,王世清. 2017

[3]三种不同形态太岁所含古菌的结构研究. 王朝江,王世清. 2017

[4]太岁DNA提取方法差异及对测知细菌结构的影响. 王朝江,王世清,高春燕,李慧,李聪. 2021

[5]太岁中真菌菌群结构及分离菌株的DNA验证. 王朝江,王世清,高春燕,李慧,夏伟伟. 2021

[6]16S rDNA克隆文库方法分析太岁样品中细菌的多样性. 王朝江. 2017

[7]影响细菌种群(太岁组织)结构关键因素的研究. 王朝江,李慧,王世清,高春燕,李聪,张洋,刘方. 2022

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