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基于锈斑蟳简化基因组数据的微卫星DNA标记开发

文献类型: 中文期刊

作者: 唐棣 1 ; 杨明秋 1 ; 邹雄 2 ; 刘洪涛 1 ;

作者机构: 1.海南省海洋与渔业科学院

2.中国水产科学研究院东海水产研究所

关键词: 锈斑蟳;简化基因组;微卫星;引物开发;遗传多样性

期刊名称: 广西科学

ISSN: 1005-9164

年卷期: 2024 年 31 卷 004 期

页码: 763-772

摘要: 锈斑蟳(Charybdis feriata)是我国重要的海洋水产种质资源保护对象,具有较高的经济价值和遗传育种价值,开发微卫星DNA(Microsatellite DNA)标记有助于锈斑蟳种群生态、种质资源等方面研究。本研究基于简化基因组测序技术获得锈斑蟳简化基因组序列信息,开展微卫星相关信息分析,并开发微卫星DNA标记。共检测到2 419 242个微卫星位点,其中二核苷酸和单核苷酸重复基序数量最多,各占总位点的43.95%和28.71%。六核苷酸重复基序的类型最多,达287种;其次是五核苷酸的重复基序的类型,为275种。不同类型SSR位点基序的重复次数也不同。使用Primer3 v2.3.6软件共设计出21 330对锈斑蟳微卫星引物,选取多态性高的192对引物在12个锈斑蟳样本中进行验证,有14对引物具有单一条带且多态性较好,每个引物的等位基因数为4-14,期望杂合度(He)和观测杂合度(H_o)分别为0.503-0.892和0.167-1.000,多态信息含量(PIC)为0.456-0.882。研究表明,本方法在筛选锈斑蟳SSR标记中是可行的,所得引物可以应用于锈斑蟳遗传多样性、种群遗传分析等研究。

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