文献类型： 中文期刊

作者： 刘绵宇 ¹ ; 李旭鹏 ¹ ; 孔杰 ¹ ; 孟宪红 ¹ ; 陈美佳 ¹ ; 罗坤 ¹ ; 隋娟 ¹ ; 代平 ¹ ; 张雅文 ¹ ; 强光峰 ¹ ; 谭建 ¹ ; 陈宝龙 ¹ ; 曹家旺 ¹ ; 李波波 ¹ ; 赖晓芳 ¹ ; 栾生 ¹ ;

作者机构： 1.江苏海洋大学海洋科学与水产学院江苏省海洋生物资源与环境重点实验室/江苏省海洋生物技术重点实验室;中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室;邦普种业科技有限公司

关键词： 凡纳滨对虾;基础群体;AHPND;育种芯片;遗传多样性

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2023 年 47 卷 001 期

页码： 215-224

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值,实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(VpAHPND)侵染实验,利用自主研发的40K SNP液相芯片"黄海芯1号"获得146尾个体的基因型信息,对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力.VpAHPND浸染实验结果显示,不同群体间存在抗病差异,PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%.利用质控后的38148个SNP信息构建系统进化树,结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起,进而同属一个群体的多个家系聚在一起.主成分和遗传结构分析显示,可以准确地将146尾个体划分为3个组,与系统进化树聚类结果一致.遗传多样性分析显示,3个群体的观测杂合度(Ho)平均值为0.25~0.29,多态信息含量(PIC)平均值为0.20~0.23,上述遗传参数达到极显著水平.3个群体间的遗传分化系数(FST)为0.11~0.21,存在中高度遗传分化.基因组近交分析表明,EE、PP和SS群体的近交系数均值分别为?0.05±0.06、0.20±0.09和0.37±0.07,后2个群体内部分个体表现出较高的近交水平.使用ssGBLUP-MF(Single Step Genomic BLUP with Metafounders)模型,复合基因型、表型和系谱信息,获得VpAHPND侵染后存活状态的遗传力估计值为0.24±0.07,表现为中等水平,表明基础群体具有较好的选育潜力.研究表明,利用液相芯片"黄海芯1号"开展辅助育种,可以进一步提高基础群体构建和评估的效率.