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基于高通量测序的青稞产量相关性状的基因定位及候选基因挖掘

文献类型： 中文期刊

作者： 姚晓华 1 ; 吴昆仑 2 ; 白羿雄 2 ; 迟德钊 3 ;

作者机构： 1.青海大学农林科学院(青海省农林科学院)/青海省青稞遗传育种重点实验室;国家麦类改良中心青海青稞分中心

2.;青海大学农林科学院(青海省农林科学院)/青海省青稞遗传育种重点实验室;国家麦类改良中心青海青稞分中心

3.;青海大学农林科学院(青海省农林科学院)/青海省青稞遗传育种重点实验室;国家麦类改良中心青海青稞分中心;

关键词： 青稞;SLAF/GBS简化基因组测序;基因定位;抗倒性

期刊名称： 大麦与谷类科学

ISSN： 1673-6486

年卷期： 2018 年 04 期

页码： 57-58

摘要： 青稞是青藏高原最具特色的农作物,主要分布在海拔3 000 m以上的高寒地带。为寻找控制青稞的抗倒、早熟以及穗部性状、株高、分蘖等产量相关性状的基因,采用简化基因组测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF)对300份青稞自然群体进行全基因组测序,对抗倒相关性状和SNP标记检测结果利用MLM和GLM模型进行全基因组关联分析(GWAS),共挖掘到与抗倒性密切相关的分子靶点184个,并筛选出91个可能与青稞抗倒密切相关的基因。采用简化基因组测序技术(genotyping-by-sequencing,GBS)构建包含了3 662个SNP标记,7条染色体遗传图距为160.21～227.21 c M,所有连锁群的平均图距为0.57 c M。利用这一图谱定位了5个与紫粒相关的QTL,在区间内找到5个与花青素合成相关的结构基因和1个调控基因,并进行了功能验证。同时利用该遗传图谱在1H、2H和4H上定位了与早熟相关的QTL 4个;与产量相关的QTL共92个,其中在1H、3H、4H上定位到与株高相关QTL 5个;在2H上定位到与穗数相关QTL 2个;在4H、5H上定位到与穗长相关QTL 2个;在7H上定位到与穗粒数相关QTL 6个;在3H、5H、6H上定位到与穗粒质量相关QTL 9个。

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