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高山杜鹃转录组测序及MYB转录因子家族分析

文献类型： 中文期刊

作者： 贾新平 1 ; 刘晓青 1 ; 邓衍明 1 ; 李畅 1 ; 苏家乐 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院休闲农业研究所

关键词： 高山杜鹃;转录组;MYB转录因子

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 021 期

页码： 7037-7047

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： MYB转录因子是植物中最大的一类转录因子家族,参与调控植物的生长发育、次生代谢、逆境胁迫等生物学过程。目前,关于高山杜鹃MYB转录因子的研究尚未见报道。本研究利用SMRT高通量测序技术对高山杜鹃品种‘富丽金陵’进行转录组测序,得到了15.37 Gb数据,通过去冗余获得75 002条转录本序列。其中,71 155、33 653、30 359条转录本分别在NR、GO、COG数据库中具有匹配信息。基于高山杜鹃转录组数据,鉴定了64个转录因子家族,其中MYB基因有220个。根据结构特性将MYB基因分为4类:1R-MYB、R2R3-MYB、R1R2R3-MYB和4R-MYB,其氨基酸序列包含20种保守元件。进化树分析结果显示,高山杜鹃MYB基因分为28个亚组。研究采用单分子实时测序技术（single molecule real time, SMRT）对高山杜鹃品种‘富丽金陵’转录组进行测序,将获得的转录本序列进行功能注释和分类,对获得的220个MYB基因进行生物信息学进行分析,相关结果具有一定参考意义。

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