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电洗脱法和透析在紫菜腐霉PacBio全基因组测序DNA样品纯化中的应用

文献类型： 中文期刊

作者： 邹丹丹 1 ; 唐祥海 1 ; 莫照兰 1 ; 茅云翔 1 ;

作者机构： 1.中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室;中国海洋大学海洋生命学院;农业部渔业资源可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所

关键词： 紫菜腐霉;基因组DNA;RNA污染;透析

期刊名称： 中国海洋大学学报(自然科学版)

ISSN： 1672-5174

年卷期： 2017 年 11 期

页码： 47-52

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 紫菜腐霉(Pythiumporphyrae)是一种专性侵染紫菜并引起紫菜赤腐病的病原菌。为了深入了解紫菜腐霉的遗传信息,本文计划对其开展全基因组测序,而制备高质量的DNA样品是关键性工作。海洋生物生境和代谢的特殊性,细胞中富含的一些次级代谢物质往往影响着DNA样品的质量。紫菜腐霉的基因组DNA样品中具有严重的RNA污染,即使通过延长RNase A降解时间和增加降解次数也不能完全消除其中的RNA,无法获得满足于PacBio文库构建和测序的DNA样品。本研究首先通过琼脂糖凝胶电泳(Agarosegel electrophoresis,AGE)来区分DNA和RNA,然后将DNA条带所在的胶块切下并放入透析袋中继续电泳,使DNA从胶条中迁移到透析袋内的缓冲液中,从而获得DNA的TAE溶液。然后通过透析的方法去除DNA的TAE溶液中的乙酸钠,最终获得DNA的TE溶液。经AGE检测发现DNA条带清晰、无RNA污染;经脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)检测发现DNA完整性较好,可用于PacBio文库的构建和测序。

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