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百脉根TALE转录因子家族的鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 丘日光 1 ; 张天缘 1 ; 杨仕梅 1 ; 宋莉 1 ; 赵德刚 1 ;

作者机构： 1.贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室;贵州省农业科学院

关键词： 百脉根;TALE转录因子家族;生物信息学;系统进化;基因表达

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 466-475

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 三胺酸环延伸(TALE)蛋白是一类在植物生长发育过程中调控分生组织分化的转录因子。本研究通过生物信息学手段从豆科模式植物百脉根(Lotus japonicus(Regel)K.Larsen)全基因组中筛选出分布于6条染色体上的40条TALE家族基因,并对其保守结构域、基因结构、系统进化、在染色体上的分布、理化性质以及部分典型基因的组织表达差异等进行分析。根据结构域不同可将百脉根TALE家族分为BELL和KNOX两个亚族;百脉根TALE家族在进化上较为保守,分化上与大豆存在较大差异;该家族基因有外显子4～6个,氨基酸序列长度在271～792之间,家族成员蛋白均为弱酸性蛋白。Realtime PCR分析表明该家族基因表达与motif元件数之间存在相关性;BELL亚族主要在顶芽表达,KNOX亚族则主要在根组织中表达。研究结果为进一步克隆百脉根TALE基因和分析其功能奠定基础。

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