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高温胁迫条件下大菱鲆肾脏转录组研究

文献类型： 中文期刊

作者： 杨凯 1 ; 黄智慧 1 ; 马爱军 1 ; 刘晓菲 1 ; 杨双双 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省海洋渔业生物技术与遗传育种重点实验室青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室;上海海洋大学水产与生命学院;青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室

关键词： 大菱鲆;肾脏;高温胁迫;转录组;生物信息学分析

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2020 年 01 期

页码： 86-95

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探索大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏组织开展转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等。结果显示,通过组装得到Unigenes总数目为68525,长度范围为201～23456 bp,平均长度为1124 bp,N50长度为2316 bp。将Unigenes分别在Nr、Swissprot、KEGG、KOG、GO数据库进行序列比对及功能注释,共注释25498条,其中,Nr数据库注释到的Unigenes最多;按GO功能分类,共分为细胞组分、分子功能及生物学过程3类,包括56个功能组,其中,大量Unigenes与细胞进程、代谢过程、催化活性、生物调节、应激反应相关。将Unigenes进行pathway注释,归属于218条代谢通路,分为5类KEGG途径:代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统。进行转录因子分析,共检测到65类转录因子,其中,C2H2锌指蛋白家族的基因数目最多。通过对不同温度胁迫下基因表达谱结果进行分析,不同温度组之间存在着显著差异,在不同温度胁迫组中,20℃组与28℃组存在差异最大,差异基因达到4734个,其中,上调基因3386个,下调基因1348个。本研究建立了大菱鲆热应激肾脏转录组数据库,为大菱鲆高温胁迫分子机理研究提供了参考数据。

  • 相关文献

[1]大菱鲆脂质代谢相关基因PPARs的组织表达及其对高温胁迫的响应. 赵亭亭,杨双双,马爱军,黄智慧,孙志宾,王新安,夏丹丹. 2020

[2]基于TMT技术对高温胁迫条件下大菱鲆幼鱼心脏的差异蛋白筛选分析. 赵一诺,徐荣静,黄智慧,蒋宇航,曹郡文,王新安,刘诗颖,闫鹏飞,马爱军. 2024

[3]基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析. 王婷,黄智慧,马爱军,马得友,王新安,夏丹丹,马本贺. 2014

[4]基于转录组学解析铜驯化缓解高温胁迫对大黄鱼的氧化损伤. 谢正丽,宋炜,吉群,曾霖. 2023

[5]高温胁迫下黑龙江茴鱼幼鱼肝脏组织结构变化及转录组表达特征. 丰超杰,刘霞飞,张颖,吕伟华,韩世成,张永泉,许式见,马波. 2023

[6]许氏平鲉对慢性高温胁迫响应的转录组学分析. 谭杰,张正,刘长琳,王亮,肖文杰,姜达. 2024

[7]饵料中添加镉对罗非鱼组织形态的影响. 罗永巨,钟欢,周毅,单丹,郭忠宝,黄一帆,邹源,徐跑. 2016

[8]半滑舌鳎肾脏组织结构与细胞种类研究. 孙斌,孙金生,张丽娜,肖鹏. 2017

[9]黄颡鱼胰岛素样生长因子结合蛋白1基因的克隆及表达分析. 梁宏伟,李忠,罗相忠,邹桂伟. 2017

[10]罗非鱼肾脏细胞系的建立及其生物学特性. 赵建青,贾鹏,刘文枝,周勇,江南,范玉顶,易梅生,曾令兵. 2019

[11]驼背鲈肾脏显微和超微结构观察. 蔡文超,区又君. 2008

[12]卵形鲳鲹肾脏的显微和超微结构观察. 区又君,李加儿,蔡文超. 2015

[13]维生素K_3对松浦镜鲤幼鱼血清生化指标的影响. 王洋,徐奇友,王常安. 2013

[14]低盐度胁迫对银鲳幼鱼肝脏抗氧化酶、鳃和肾脏ATP酶活力的影响. 尹飞,孙鹏,彭士明,施兆鸿. 2011

[15]“灭非灵”对尼罗罗非鱼鳃、肝和肾组织结构的影响. 马光明,顾党恩,牟希东,罗渡,朱赟杰,罗建仁,胡隐昌. 2015

[16]珠江口池养梭鱼肾脏显微和超微结构观察. 区又君,陈四海,李加儿. 2014

[17]温度胁迫下银鲳转录组的de novo拼接和差异表达的分析. 施兆鸿,刘磊,廖雅丽,高权新,彭士明,张晨捷. 2016

[18]高温胁迫对杂交石斑鱼存活率及血清生化指标的影响. SHAO Yan-xiang,邵彦翔,CHEN Chao,陈超,ZHANG Ting-ting,张廷廷,LI Yan-lu,李炎璐,ZHANG Meng-qi. 2017

[19]一株广温性大菱鲆肠道益生菌的筛选与鉴定. 樊瑞锋,王印庚,梁友,高淳仁,张正,李彬,翟介明,曲江波. 2011

[20]达氟沙星在健康大菱鲆体内的药代动力学研究. 梁俊平,李健,常志强,韩现芹,赵法箴. 2011

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