文献类型： 中文期刊
作者： 杨凯 1 ; 黄智慧 1 ; 马爱军 1 ; 刘晓菲 1 ; 杨双双 1 ;
作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省海洋渔业生物技术与遗传育种重点实验室青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室;上海海洋大学水产与生命学院;青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室
关键词： 大菱鲆;肾脏;高温胁迫;转录组;生物信息学分析
期刊名称： 渔业科学进展
ISSN： 2095-9869
年卷期： 2020 年 01 期
页码： 86-95
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为探索大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏组织开展转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等。结果显示,通过组装得到Unigenes总数目为68525,长度范围为201～23456 bp,平均长度为1124 bp,N50长度为2316 bp。将Unigenes分别在Nr、Swissprot、KEGG、KOG、GO数据库进行序列比对及功能注释,共注释25498条,其中,Nr数据库注释到的Unigenes最多;按GO功能分类,共分为细胞组分、分子功能及生物学过程3类,包括56个功能组,其中,大量Unigenes与细胞进程、代谢过程、催化活性、生物调节、应激反应相关。将Unigenes进行pathway注释,归属于218条代谢通路,分为5类KEGG途径:代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统。进行转录因子分析,共检测到65类转录因子,其中,C2H2锌指蛋白家族的基因数目最多。通过对不同温度胁迫下基因表达谱结果进行分析,不同温度组之间存在着显著差异,在不同温度胁迫组中,20℃组与28℃组存在差异最大,差异基因达到4734个,其中,上调基因3386个,下调基因1348个。本研究建立了大菱鲆热应激肾脏转录组数据库,为大菱鲆高温胁迫分子机理研究提供了参考数据。
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