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m~6A和miRNA协同调控北京鸭胚胎期骨骼肌发育的研究

文献类型： 中文期刊

作者： 李盈 1 ; 郭旭 2 ; 蒋启程 1 ; 顾丽红 1 ;

作者机构： 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所

2.保亭黎族苗族自治县畜牧渔业服务中心

关键词： miRNA;m~6A甲基化修饰;高通量测序;北京鸭

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN：

年卷期： 2024 年 002 期

页码： 470-481

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】试验旨在研究胚胎期miRNA和N6-甲基腺嘌呤（m~6A）在北京鸭胸肌发育中的调控作用，以期为了解北京鸭胸肌发育规律奠定基础。【方法】收集E13和E27两个阶段的北京鸭胚胎胸肌，利用甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序（MeRIP-Seq）和小RNA高通量测序（miRNA-Seq）来鉴定在北京鸭胚胎胸肌细胞分化过程中可能存在的受m~6A调控的相关差异基因，再联合miRNA及其靶基因分析其功能。【结果】miRNA-Seq结果显示，差异显著miRNAs有181个，通过靶基因预测到11 176个靶标，包括m~6A相关基因以及肌肉发育相关基因。MeRIP-Seq在E13和E27组分别检测到14 344和14 016个m~6A峰，分别映射到8 248和7 763个已知基因。E13与E27时期m~6A共3 240个，映射到2 767个差异甲基化基因（differentially methylated genes, DMGs）。DMGs的GO和KEGG分析显示，DMGs主要富集于肌肉发育、脂肪沉积相关通路，同时也富集到很多和肌肉发育相关的基因，如MTPN、MYF6和MYF5。miRNA-Seq检测到5 556个差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,GO和KEGG通路分析结果表明，这些DEGs在Wnt信号通路、代谢途径、脂肪酸显著富集，提示DEGs可能参与了脂肪细胞分化和脂肪代谢过程。miRNA-Seq和m~6A-Seq关联分析显示，共检测到1 517个差异甲基化和表达相关基因（differential expression and methylation genes, DEMGs）,对这些DEMGs的GO和KEGG分析显示，DEMGs主要富集在肌肉发育相关通路中。【结论】m~6A甲基化修饰和miRNA对北京鸭骨骼肌发育和脂肪沉积有重要影响。

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