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甘薯(Ipomoea batatas L.)SNP标记快速高效检测方法

文献类型： 中文期刊

作者： 李强 1 ; 后猛 2 ; 刘亚菊 3 ; 王欣 2 ;

作者机构： 1.云南农业大学植物保护学院

2.中国农业科学院甘薯研究所江苏徐州甘薯研究中心

3.江苏徐州甘薯研究中心

关键词： 甘薯;SNP标记;检测方法;高效

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 04 期

页码： 891-897

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)广泛存在于甘薯基因组中,可用于甘薯遗传图谱的构建、关联分析和分子标记辅助选择等重要研究。本研究采用两种特异性扩增的方法:等位基因特异性PCR(AS-PCR)和四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR),以及酶切扩增多态性序列(CAPS)酶切的方法,对甘薯徐781和徐薯18之间的2个SNP位点T2-32906(C/G)和T3-30695(G/A)进行检测,并通过比较3种检测方法的检测效果,找出快速高效的甘薯SNP分子标记检测方法。琼脂糖凝胶电泳结果显示:AS-PCR的检测结果在2个样本之间出现假阳性而没有明显的差异条带,Tetra-primer ARMS-PCR和CAPS两种方法的检测结果在2个样本间呈现出明显的差异条带,并且能够根据条带数目区分等位基因是否纯合。三种方法的检测结果表明:相对于其他两种检测方法,Tetra-primer ARMS-PCR呈现出更理想的检测效果。另外通过成本比较,Tetra-primer ARMS-PCR成本明显低于CAPS。因此,Tetra-primer ARMS-PCR是一种可用于甘薯SNP位点快速、高效且费用低廉的分子检测方法。

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