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基于生物信息学的玉米抗病QTL比较定位

文献类型： 中文期刊

作者： 刘红军 1 ; 李晓辉 2 ; 刘晓鑫 2 ; 李新海 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程

2.吉林省农业科学院生物技术研究中心

关键词： 玉米;抗病QTL;元分析;整合图谱;比较定位

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2010 年 8 卷 01 期

页码： 151-160

收录情况： CSCD

摘要： 以玉米遗传连锁图谱IBM2 2008 Neighbors为参考图谱,利用BioMercator 2.1软件,通过映射来自不同实验中的340个玉米抗病QTL,构建出玉米抗病QTL的整合图谱。采用元分析技术,在1、3、6、10号染色体上发掘5个"一致性抗病QTL"区间,图距分别为5.14cM、9.00cM、28.50cM、1.73cM和33.34cM。从MaizeGDB网站下载"一致性抗病QTL"区间内的基因和标记原始序列,采用NCBI网站在线软件BlastX通过同源比对,在5个"一致性抗病QTL"区间内初步确定8个抗病基因同源序列。借助比较基因电子定位策略,将54个水稻和44个玉米抗性基因转定于玉米IBM2 2008 Neighbors遗传连锁图谱上。本文研究结果为玉米抗病QTL精细定位和克隆奠定了基础。

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