文献类型： 中文期刊
作者： 赵芹 1 ; 谢大森 1 ; 何晓明 1 ; 罗少波 1 ; 彭庆务 1 ;
作者机构： 1.广东省农业科学院蔬菜研究所
关键词： 瓠瓜;NBS-LRR类;抗病基因同源序列;简并引物;序列分析
期刊名称： 华南农业大学学报
ISSN： 1001-411X
年卷期： 2015 年 36 卷 05 期
页码： 92-98
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR)类抗病基因保守区设计简并引物,从"大籽瓠"抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1~HNB23,Gen Bank登录号为KJ908192~KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242~261 nt之间,18条序列具有连续开放阅读框(Open reading frame,ORF),推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5%~98.8%,氨基酸序列相似性为21.5%~100.0%;利用NCBI Blast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40%~100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致.
- 相关文献
[1]节瓜抗镰刀菌酸突变体NBS类RGAs序列的分离鉴定. 赵芹,谢大森,何晓明,罗少波,彭庆务,陈俊秋. 2015
[2]瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT基因的分离与序列分析. 赵芹,谢大森,何晓明,江彪,罗少波,彭庆务,李明珠. 2014
[3]瓠瓜LINE逆转座子RT序列的克隆与特征分析. 赵芹,谢大森,何晓明,罗少波,彭庆务,陈俊秋. 2015
[4]香蕉抗病种质RLK-RGAs的克隆与序列差异分析. 徐金刚,向旭,蔡礼鸿,黄秉智,孟祥春. 2008
[5]广东不同时期水稻主栽品种抗病基因同源序列多态性分析. 唐志明,陈建酉,陆永法,周华成,莫雪娇,毛兴学,李晓方. 2013
[6]冬瓜抗病基因同源序列的克隆及分析. 刘文睿,江彪,彭庆务,何晓明,林毓娥,梁肇均,谢大森. 2016
[7]瓠瓜品种现状及其制种技术. 刘洪标,姜冬青,彭庆务,黄智文,郭汉权,田永红,王凯,黄旺平,何润铭. 2020
[8]不同产地瓠瓜品种ITS序列的遗传多样性分析. 赵芹,谢大森,彭庆务,罗少波,郭巨先,邓沙沙. 2014
[9]瓠瓜的特征特性及育种对策. 彭庆务,何晓明,谢大森,赫新洲. 2003
[10]美丰一号瓠瓜的选育. 彭庆务,何晓明,谢大森,赫新洲. 2006
[11]广东地区猪群新发塞内卡病毒流行株的分离鉴定及遗传进化分析. 林秀银,温肖会,吕殿红,翟少伦,霍玮,翟颀,魏文康,杨彩娟. 2019
[12]广东省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析. 汤亚飞,佘小漫,李正刚,于琳,蓝国兵,邓铭光,何自福. 2019
[13]猪生长激素基因在杆状病毒载体系统中的表达. 欧阳菁,魏平华,杨林,谢明权,杨洁,龙綮新,王珣章. 2000
[14]荔枝蒂蛀虫信息素结合蛋白基因序列及表达分析. 李鹏燕,刘艳萍,王思威,孙海滨,柏建山,彭刚,龚雪海. 2018
[15]猪流行性腹泻病毒变异株GDqy2017的分离及S和ORF3基因序列分析. 楚品品,蒋智勇,林德锐,徐志宏,李艳,勾红潮,卞志标,李春玲,蔡汝健. 2018
[16]番茄黄化曲叶病毒侵染危害海南番茄及其分子特征. 汤亚飞,周洋,张丽,李正刚,佘小漫,于琳,蓝国兵,邓铭光,何自福. 2020
[17]云南和广东省流行性出血病病毒血清6型毒株(EHDV-6)的分离与遗传特性. 李占鸿,杨振兴,林栩慧,吕敏娜,肖雷,寇美玲,廖德芳,朱建波,杨恒,李华春. 2020
[18]伪狂犬病毒GDSH株的分离鉴定及gE基因的序列分析. 白丽丽,王旭荣,刘建营,陈德坤,张春红,宋长绪. 2008
[19]节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及比对. 赵芹,谢大森,江彪,罗少波,彭庆务,李明珠. 2014
[20]水稻恢复系华占抗稻瘟病遗传分析及基因鉴定. 陈深,苏菁,华丽霞,汪文娟,汪聪颖,杨健源,曾列先,朱小源. 2015
作者其他论文 更多>>
-
多样性苦瓜资源果实品质评价分析
作者：刘玲;钟玉娟;谢大森;徐颖超;林越;林惠境;郑晓明;薛舒丹
关键词：苦瓜;果实品质;相关性分析;聚类分析;综合评价模型
-
冬瓜WRKY基因家族鉴定及表达分析
作者：赵添悦;蔡金森;王敏;谢大森;杨松光;崔晓娟;高苏娟
关键词：冬瓜;WRKY基因家族;生物信息学;系统发育分析;表达分析
-
冬瓜新品种'雅翠1号'
作者：江彪;谢大森;刘文睿;闫晋强;王敏;何晓明;彭庆务;林毓娥;梁肇均;陈林
关键词：冬瓜;蜡粉;优质;绿色果肉;品种
-
黄瓜新品种粤丰2号的选育
作者：陈林;梁肇均;林毓娥;王敏;何晓明;江彪;刘文睿;彭庆务;谢大森;曹振强
关键词：黄瓜;粤丰2号;一代杂种;华北型
-
植物激素对冬瓜外观及内在品质相关基因表达的影响
作者：薛舒丹;万小童;钟玉娟;吴玉娟;陆森;刘展舒;傅曼琴;谢大森
关键词：外源激素;冬瓜;外观品质;风味品质;营养品质;相关基因表达
-
葫芦科作物抗氧化基因的全基因组鉴定及分析
作者：钱玉磊;闫晋强;刘文睿;吴智明;谢大森;江彪
关键词：葫芦科;OXR基因;保守结构域;顺式作用元件;生物信息学;表达谱;亲缘关系
-
苦瓜新品种'俏绿珍珠苦瓜'
作者：郑晓明;刘小茜;罗剑宁;吴海滨;李俊星;赵钢军;罗少波;龚浩
关键词：苦瓜;一代杂种;品种
