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锦鲤疱疹病毒丹东株ORF83基因克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王世会 1 ; 贾智英 2 ; 李池陶 2 ; 石连玉 3 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

2.;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

3.;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所;

关键词： 锦鲤疱疹病毒;ORF83基因;生物信息学分析

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2017 年 04 期

页码： 1451-1461

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 锦鲤疱疹病毒病是具有高致病性、传染性的疾病,对渔业生产造成巨大的危害。为了研究锦鲤疱疹病毒衣壳蛋白ORF83的结构和功能,本研究采集感染锦鲤疱疹病毒活鱼样品,经DNAStar软件预测分析、DNA提取,PCR扩增、重组质粒构建等步骤成功克隆到ORF83(1)和ORF83(2)基因。应用生物信息学分析蛋白结构与功能,并构建系统进化树。结果显示,两蛋白均能编码前体蛋白,均由α螺旋、β折叠、无规则卷曲组成,均有4个跨膜区域;抗原性较好;但不含保守结构域;ORF83(1)N端11个氨基酸序列为信号肽序列;ORF83(2)N端33个氨基酸序列为信号肽序列;ORF83(1)氨基酸序列存在1个潜在的N-糖基化位点、ORF83(2)氨基酸序列存在3个潜在的N-糖基化位点,两蛋白均潜在13个磷酸化位点,无潜在的O-糖基化位点;系统进化树分析表明,KHV-DD ORF83与美国株、以色列株、日本株均具有同源性。通过研究表明,本研究成功克隆到ORF83基因,并对其结构和功能进行分析,获得重要的生物信息学数据,为进一步研究锦鲤疱疹病毒发病机制和疱疹病毒抗体制备等提供了理论基础。

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