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苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李荷蓉 1 ; 王昆 2 ; 孙欣 1 ; 张春华 3 ; 房经贵 1 ;

作者机构： 1.南京农业大学园艺学院

2.中国农业科学院果树研究所

3.江苏省农业科学院园艺研究所

关键词： 苹果;EST;SSR;遗传多样性

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2012 年 28 卷 01 期

页码： 158-165

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。

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